Menceritakan Keroro, seorang Sersan dari Bangsa Keron. Ia memiliki tugas untuk menyelidiki Bumi. Di sana, penyamaran Keroro justru terbongkar oleh Fuyuki Hinata dan Natsumi Hinata. Setelah berhasil membongkar penyamaran Keroro, mereka berdua mengambil Keroball yang merupakan sebuah bola kekuatan.
Setelah kejadian tersebut, Keroro ditinggalkan oleh markas pusat guna mundur dari misi pengintaianBumi. Kini, Kerorosendirian di sebuahtempat yang asingbaginya.