Ninja, mereka yang kini telah bersembunyi dalam bayangan sembari mengalahkan para penjahat. Sementara itu, ada Gokudou yang menjalankan berbagai bisnis gelap dan menjadi sasaran para ninja untuk dihancurkan.
Setelah jaman Edo, kini para Ninja dan Gokudou mulai dilupakan. Namun, kedatangan Shinoha Tanaka dan Kiwami Kimura membuat perseteruan kedunya kembali memanas. Menariknya, baik Tanaka dan Kimura tidak mengetahui identitas masing-masing hingga mereka dipertemukan pada sebuah pertempuran.